Un gran número de los códices coloniales fueron utilizados en litigios, por lo que muchos de ellos se conservan todavía formando parte de los expedientes o legajos de archivos como el General de la Nación o el de la Reforma Agraria. Con fines didácticos y de estudio se reunió en el antiguo Museo de Antropología e Historia el Fondo de Códices, que parcialmente se exhibe al público en una de las salas.
En el actual Museo Nacional de Antropología e Historia este acervo, enriquecido con los documentos pictóricos del Archivo Histórico del INAH, se conserva en la sección de Testimonios Pictográficos de la Biblioteca Nacional de Antropología e Historia. Este fondo se formó reuniendo antiguas colecciones y códices provenientes de pueblos indígenas que los produjeron. Una gran cantidad, difícil de calcular, de manuscritos pictóricos, se conservan aún en los pueblos, custodiados celosamente por las autorid`ades tradicionales.